左侧卵巢上有1cm大小的巧克力囊肿不治疗，是不会自己消退的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，指每月本应该脱落的子宫内膜跑错了位置，在卵巢扎根，每月淤积血液在那里呈巧克力液体状。因为巧克力囊肿里边全是血液，而且它每次会随月经来潮越积越多，体积增大，所以一般很难会自行消失。但通常1cm大小的巧克力囊肿不算严重，对于人体而言不会造成什么伤害，也不会有什么明显症状，因此，可以不进行特殊治疗，只需定期到医院做好复查即可。

巧克力囊肿的大小不同，疾病的严重性也不同，通常巧克力囊肿>4cm才属于比较严重的情况，所以巧克力囊肿1cm一般不严重，治愈率比较高。以下是针对不同情况治疗巧克力囊肿的方法，如下：

1.保守治疗：巧克力囊肿病情较轻且有生育要求，可积极促生育，使患者尽早怀孕，怀孕可以使巧克力囊肿得到改善;

2.微创治疗：如巧克力囊肿直径超过5cm，会影响女性生育，建议采用微创治疗，剥除囊肿，促进怀孕;

3.内分泌治疗：如巧克力囊肿不严重，患者也无生育要求，可以采取内分泌治疗，改善囊肿。同时对进入围绝经期女性采用内分泌保守治疗，直至绝经，绝经后巧克力囊肿可自行缓解。

综上所述，已经确诊巧克力囊肿1cm的患者要根据病情情况选择适合方案治疗，由于每个患者的体质不同，囊肿发展情况不同，所以说治疗手段也会有一些不同。建议患有巧克力囊肿的女性，一定要进行密切随访观察，若病情加重，应及时遵医嘱进行手术治疗，避免对身体造成不良影响。